Objectifs

Le CIRI est un centre de recherche qui vise à fournir les ressources scientifiques et les expertises pour mener des recherches fondamentales de haut niveau sur les agents infectieux, les maladies associées et les réponses de l’hôte. Des thèmes de recherche spécifiques, au-delà de ceux qui sont mis en œuvre dans les équipes elles-mêmes ont été définis et seront menés collectivement pour répondre à des objectifs précis d’intérêt général dans le domaine des maladies infectieuses. Ces objectifs scientifiques sont les suivants:

Objectif n ° 1: immunologie intégrée pour la vaccination et biothérapies

02_LesEquipes_Objectifs_ReponseImmunitaireLe développement de vaccins contre les agents pathogènes qui causent des maladies infectieuses a été l’un des facteurs les plus importants dans la réduction de la mortalité infantile et l’espérance de vie. En dépit de ces avancées importantes, les maladies infectieuses demeurent un problème majeur de santé publique. Des vaccins ou des traitements efficaces ne sont en effet pas disponibles pour un large éventail de maladies infectieuses. Nous croyons que l’échec des vaccins antérieurs ou des approches thérapeutiques sont dues à notre manque de connaissance des mécanismes de protection nécessaires au contrôle d’un agent pathogène donné, ainsi qu’à notre faible capacité à concevoir et à fabriquer des vaccins qui ciblent des sous-ensembles immunitaires spécifiques. Notre objectif global est donc de mieux comprendre les mécanismes qui sous-tendent les réponses immunitaires impliquées dans le contrôle de plusieurs classes d’agents pathogènes. Nos objectifs spécifiques sont les suivants:

  • Comprendre la contribution individuelle des différents types de cellules immunitaires dans la défense contre les pathogènes.
  • Comprendre les réseaux moléculaires qui sous-tendent la réponse immunitaire: comment l’action des différents effecteurs du système immunitaire est coordonnée et comment les différents gènes impliqués dans l’immunité est mise à profit pour lutter contre les maladies infectieuses
  • Comprendre les interactions complexes entre les microbes et les cellules immunitaires: comment les agents pathogènes sont détectés par des cellules immunitaires et comment les agents pathogènes échappent à cette reconnaissance pour survivre au sein de leurs hôtes.
  • Comprendre l’équilibre entre l’immunité et la tolérance: comment le système immunitaire épargne les cellules normales, les tissus et les bactéries commensales, tout en protégeant l’hôte contre les agents pathogènes.
  • Développer de nouveaux concepts vaccinaux et des biothérapies contre les maladies infectieuse

Objectif n ° 2: Metabolo-infectiologie et maladies non transmissibles

L’objectif principal de cet objectif est de déterminer les liens réciproques qui existent entre les infections et les maladies métaboliques à savoir comment les infections virales influencent le métabolisme de la cellule cible ou un hôte infecté et, inversement, comment des altérations pré-existantes dans le métabolisme peuvent affecter l’infection virale. Les objectifs spécifiques sont les suivants:

  • Comment les virus modifient la cellule hôte et son métabolisme. Nous allons d’abord se concentrer sur l’hépatite virale pour laquelle il existe une forte expertise dans le CIRI et pour laquelle il existe déjà une bonne preuve que le virus influe sur le métabolisme de l’hôte. Ensuite, d’autres modèles d’infection virale seront étudiés. Le développement de plates-formes avec des outils à grande échelle d’analyse des métabolites et / ou des collaborations avec ces plates-formes sera obligatoire pour atteindre cet objectif.
  • Le second objectif est de développer une preuve conjointe de preuves de concept dans un nombre limité de systèmes pour répondre aux deux questions principales soulevées dans cet objectif, à savoir l’effet des maladies métaboliques préexistantes dans l’évolution naturelle de l’infection virale et, inversement, le rôle d’une infection virale dans le contrôle de l’état métabolique de la cellule ou de l’hôte contribuant à l’émergence de maladies chroniques telles que la résistance à l’insuline et l’obésité. Des collaborations avec des centres de recherche sur la nutrition et les maladies métaboliques et des départements de maladies infectieuses à Lyon et dans le monde entier devront être éablies pour atteindre cet objectif.
  • La notion de lien réciproque entre les infections virales et le métabolisme ou la metabolo-virologie devrait évoluer vers le concept élargi de metabolo-infectiologie qui inclurait les bactéries et les parasites.

Objectif n ° 3: Les infections nosocomiales

Les infections nosocomiales ou infections associées aux soins (IAS) représentent un problème majeur de santé publique, en particulier avec l’émergence de bactéries résistantes aux antibiotiques. Les deux principales causes de décès dues aux IAS sont la pneumonie et des infections systémiques. Les principales bactéries pathogènes isolées dans la pneumonie nosocomiale sont Staphylococcus aureus et Pseudomonas aeruginosa et moins fréquemment des souches de Legionella. Les infections nosocomiales sont souvent causées par des bactéries pathogènes susceptibles de coloniser les individus en bonne santé sans déclencher de maladie. Les facteurs permettant la colonisation sont suspectés d’être des facteurs de virulence bactériens, les facteurs de l’hôte et les facteurs environnementaux (flore commensale ex). Nous ne savons pas encore de quelle manière la réponse immunitaire aux microbes colonisateurs affecte la réponse immunitaire pendant l’infection par les mêmes microbes. Nos objectifs spécifiques sont les suivants:

  • Cibler la pneumonie d’origine nosocomiale: Nous allons caractériser les facteurs de virulence impliqués dans la pneumonie nosocomiale causée par des bactéries différentes, développer des modèles animaux pour comprendre les facteurs conduisant à un syndrome de détresse respiratoire aiguë; étudier les facteurs génétiques de l’environnement et de l’hôte conduisant à des infections nosocomiales chez les humains.
  • Comprendre les conséquences de la colonisation sur les infections nosocomiales ultérieures. Nous allons caractériser l’immunité aux microbes colonisant et comment ces mécanismes affectent la translocation des bactéries dans l’organisme, et leur capacité à causer la maladie.
  • Développer des stratégies thérapeutiques innovantes. Le traitement des infections nosocomiales peut être difficile en raison du niveau élevé de résistance aux antibiotiques des agents pathogènes nosocomiaux et l’immunodépression fréquente de l’hôte. Nous allons utiliser les connaissances acquises sur les facteurs microbiens et les réponses de l’hôte pour développer de nouvelles stratégies thérapeutiques dans le but de prévenir ou lutter contre les infections nosocomiales.

Objectif n ° 4: Infections émergentes hautement pathogènes

Les maladies émergentes sont les maladies transmissibles dont l’incidence a augmenté récemment. Parmi elle, les virus hautement pathogènes, des groupes à risque classés (RG) 4, conduisent à des flambées limitées mais très meurtrières (filovirus, arénavirus, etc.) Bien que n’étant pas classés RG4, certains agents pathogènes peuvent se réarranger et devenir très virulent et affecter une population naïve (orthomyxovirus). D’autres virus et bactéries (RG3 ou RG2), bien que moins pathogènes, sont responsables de grandes épidémies (Flavirus, mycobactéries etc.) Ils représentent tous un problème de santé publique en raison de leur endémicité dans certains pays et de leur importation dans d’autres pays. Nos objectifs spécifiques sont les suivants:

  • Améliorer la surveillance et anticiper la propagation de la maladie. Nous allons améliorer les outils de laboratoire pour identifier les agents pathogènes en collaboration avec le CNR des fièvres hémorragiques virales (FHV) ou celui des Hantavirus pour fournir des souches virales aux équipes. Le lien étroit du CIRI avec différents réseaux internationaux permettra des enquêtes de terrain et l’accès à de nouvelles souches et échantillons. Cela comprend la surveillance de la propagation virale dans la faune et le bétail.
  • Identifier les mécanismes moléculaires responsables de la forte pathogénicité des agents infectieux chez l’homme. Au niveau des agents pathogènes, le rôle des facteurs viraux dans la pathogenèse sera déterminé pour différents agents pathogènes (Lassa, Nipah, la FHCC, etc) à l’aide des outils de génétique inverse et en comparant les virus étroitement apparentés ayant des pathogénicités différentes.
    Au niveau de l’hôte, le rôle des réponses de l’hôte dans le degré de pathogénicité seront étudiés à l’aide de modèles humains in vitro et des expériences sur les animaux pour les différents virus (Lassa, Nipah, VCML etc.) Cette connaissance des interactions virus-hôte sera cruciale pour le développement thérapeutique ou prophylactique et pour améliorer l’état de la récupération des survivants.

Objectif n ° 5: Conséquences de co-infections par des agents pathogènes humains

La pathologie associée à une infection est souvent considérée comme résultant de l’interaction entre un agent pathogène donné avec un hôte donné. Ce paradigme est cependant trop simpliste puisque la pathologie d’un agent pathogène, s’appuie également sur ​​les interactions entre plusieurs agents infectieux présents au sein d’un organisme ou d’une collectivité. L’interaction entre l’hôte et les facteurs viraux ou bactériens peut constituer un facteur de résistance, et il est crucial de considérer dans quelle mesure un hôte infecté par un premier virus ou une bactérie est modifié et si sa réaction à l’infection par un second virus / bactérie est altérée. Nos objectifs spécifiques sont :

  • Déchiffrer les mécanismes moléculaires de l’interaction entre les agents pathogènes infectieux au niveau de la cellule hôte. L’infection d’une cellule par un agent infectieux peut modifier les voies cellulaires (réponse immunitaire innée, réponse aux dommages de l’ADN, le métabolisme, etc) résultant en une stimulation ou l’inhibition d’un autre agent. En outre, la co-infection peut également bénéficier ou souffrir de molécules dérivées d’agents pathogènes ayant des activités de type complément ou de neutralisation.
  • Pour analyser les conséquences d’une co-infection au niveau de l’organisme. L’étude de la co-infection au niveau de l’organisme hôte est essentielle afin d’aborder les questions relatives à la pathogénicité et au rôle du système immunitaire dans la persistance et / ou la propagation de l’infection.
  • Afin d’étudier la pertinence et l’impact des co-infections au niveau de la population humaine. Des études épidémiologiques et cliniques sont indispensables pour mettre en évidence d’éventuelles interférences entre les pathogènes et leur capacité à influencer la propagation de l’agent infectieux (s) au sein de la population. Elles peuvent également révéler de nouvelles interactions insoupçonnées et leur lien possible avec des pathologies.
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