Service BioInformatique et BioStatistique (BIBS)

Le service BIBS a pour mission d’apporter son soutien aux équipes du CIRI dans le domaine de l’analyse de données, en mettant en place un cadre de travail, en accompagnant les études et en prenant en charge tout ou partie de certaines des analyses.

Le service est composé d’Omran Allatif, ingénieur d’études en calcul scientifique, et Antoine Corbin, enseignant-chercheur en virologie, biologie moléculaire et cellulaire.

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 Grace à la mise en place et à l’élaboration progressives d’outils d’analyse de données, le service peut apporter son soutien à l’ensemble des équipes du CIRI. Ces outils seront interconnectés dans des pipelines prenant en charge les analyses les plus courantes. Ce dispositif est enrichi et maintenu à jour sur la base d’une veille technologique/scientifique. Pour les analyses massives, nous disposons d’un accès au centre de calcul haute performance du Pôle Scientifique de Modélisation Numérique (PSMN) de l’ENS  Lyon.

Missions du service

1.    Analyses de données

Le service prend en charge directement certaines des analyses :
Son expertise dans le domaine de la biostatistique constitue l’un de ses points forts : analyses factorielles, analyses discriminantes, data mining, gestion de bases de données (gènes), statistiques descriptives, statistiques inférentielles, études cliniques, représentations graphiques adaptées de données type ‘Big Data’.
Les traitements bio-informatiques de données expérimentales peut être réalisée en utilisant les pipelines mis au point, soit du fait d’absence des compétences requises dans l’équipe demandeuse, soit pour le développement d’analyses plus spécifiques.
La priorité est mise sur les analyses de données issues de séquençage haut débit (i.g. RNA-Seq), des puces à ADN ou de la spectrométrie de masse. D’autres données de types Omics pourraient également être traitées. D’autres types d’analyses de données de séquençage haut débit seront développées ultérieurement en fonction des besoins (ChIP-seq, génomique bactérienne ou  virale, analyse de séquence / diversité virale, etc…).

2.    Conseils et Accompagnement

Le service BIBS est doté d’une d’expertise dans le domaine de la gestion des données, alliée à de solides connaissances en microbiologie (en particulier en virologie) ; il se propose d’accompagner les équipes dans la conception de leurs études et le choix des analyses qui mettent le mieux en évidence les résultats, aussi bien sur des questions courtes que sur des études de moyen et de long terme.

3.    Formation

Des actions de formations et tutoriels à destinations des personnes ayant recours régulièrement au traitement des données bio-informatiques et souhaitant s’y investir sont organisées : initiation aux outils de manipulation, d’interrogation et de gestion de données, formation à la programmation informatique, prise en main des outils et pipelines proposés, accompagnement à l’utilisation du PSMN,… Une collection de liens internet vers les outils les plus importants sera maintenue.

Contact

Pour nous contacter, téléchargez le document à l’adresse suivante et renvoyez le à Omran Allatif et Antoine Corbin.
Après analyse par les membres du service, la demande sera soumise au comité de pilotage  qui statue sur la recevabilité des projets et des études soumis.

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